据《21世纪经济报道》报道，虽然南水北调西线工程2010年尚未开工，但西南大旱已令该工程在业内备受争议。

　　中国水利水电科研院专家刘树坤称，西南这次出现百年难遇的干旱，应该对水文资料重新修订，对干旱出现频率、可能性都要重新评估，南水北调西线工程也应重新评估。

　　而国务院南水北调建委会办公室副主任张野称，从长远来看，南水北调还是合理调配水资源。今年西南旱情比较特殊，只是一个短期的现象，与整个气候状况有关。

　　他还表示，就长江而言，每年从长江口流出的水量达9000多亿立方米，而南水北调三线调水量不超过450亿方，不超过长江水量的5%。因此从多年水量上来讲，旱情不影响调水，也没有长江上游无水可调的担忧。

　　复旦大学资源环境专家戴星翼称，“与其调水，不如节约用水”。他表示，中国应该学习以色列，大面积普及滴灌系统。如果搞滴灌系统的话，同样的水灌溉面积可以大十几倍。

　　公开资料显示，南水北调西线工程按2000年第一季度价格水平，第一、二期工程静态投资合计为1110亿元，调水90亿m3;第三期工程投资额为1930亿元。西线工程分为三期建设，第一期工程调水40亿方，第二期调水50亿方，第三期调水80亿方。

　　2009年11月24日，水利部称，根据中央政府批复，南水北调西线工程的取水范围都在长江流域，不包括西南地区的雅鲁藏布江、怒江和澜沧江等河流。